Investigadores de la Universidad Agrícola y Forestal de Zhejiang y de la Universidad de Zhejiang han creado un atlas tridimensional del genoma del kiwi (Actinidia chinensis). El estudio analizó los tejidos de las hojas y los frutos, y relacionó la organización de la cromatina con las marcas epigenéticas y la expresión génica.
El equipo generó mapas de captura de conformación cromosómica Hi-C in situ. El experimento combinó tres repeticiones biológicas por tejido y generó aproximadamente 6,51 millones de lecturas emparejadas. Los científicos integraron los datos con análisis de accesibilidad de la cromatina, metilación del ADN, siete modificaciones de histonas y secuenciación de ARN.
El atlas identificó compartimentos A y B, subcompartimentos jerárquicos, dominios tipo TAD y bucles de cromatina. Las hojas y los frutos mostraron una organización general similar. Las diferencias surgieron a escalas menores. Los frutos concentraron más contactos de corto alcance. Las hojas registraron una mayor proporción de interacciones de largo alcance.
Los subcompartimentos de tipo B ocupaban aproximadamente entre el 55 % y el 60 % del genoma. Estas regiones concentraban elementos transponibles, metilación del ADN y marcadores asociados a la represión génica. Las regiones de tipo A mostraron mayor actividad transcripcional y marcadores de cromatina activa.
El estudio identificó 68 genes con expresión predominante en frutos. De estos, 63 se encontraban dentro de dominios tipo TAD en hojas y frutos. Más del 60% de estos genes se ubicaban en el compartimento B del tejido del fruto. Solo ocho coincidían con puntos de anclaje de bucles de cromatina.
Los resultados indican una relación más estrecha entre la expresión específica del fruto y la organización local de los dominios de cromatina. Los bucles de largo alcance mostraron una asociación limitada con las diferencias de expresión entre hojas y frutos. El atlas ofrece una referencia para estudios funcionales y evolutivos en árboles frutales perennes (doi 10.1093/hr/uhag076).
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