Investigadores han identificado cuatro nuevos linajes genéticos en árboles de cacao tradicionales cultivados en zonas indígenas y amazónicas de Perú. El estudio analizó 390 árboles de Theobroma cacao procedentes de ocho departamentos peruanos y utilizó 192 marcadores SNP para evaluar la identidad genética, la diferenciación entre grupos, la filogenia y la ascendencia (DOI 10.1371/journal.pone.0351690).
Las nuevas poblaciones se asociaron con cuatro clados. El clado I se denominó Chuncho 1. El clado II se denominó Awajun. El clado III se denominó Porcelana. El clado IV se denominó Chuncho 2. Los datos indican una relación entre estos linajes y grupos genéticos conocidos del cacao. Chuncho 2 mostró una asociación con Contamana. Chuncho 1 mostró una asociación con Púrus. Awajun y Porcelana mostraron una asociación con Nacional.
La investigación evaluó materiales de los departamentos de Amazonas, Ayacucho, Cajamarca, Cusco, Madre de Dios, Piura, San Martín y Ucayali. Los árboles muestreados tenían aproximadamente 50 años, según el conocimiento tradicional de los agricultores. El material representa linajes tradicionales no mejorados y germoplasma primario silvestre o semisilvestre.
Los investigadores hallaron una mezcla genética variable entre los materiales. Las muestras contenían miembros puros de las nuevas poblaciones e individuos con ascendencia combinada de Amelonado, Contamana, Criollo, Curaray, Guayana, Iquitos, Marañón, Nacional, Nanay y Púrus. Este resultado refuerza la presencia de diversidad regional en el cacao peruano. Cada región mantuvo su propia composición genética, incluso con relaciones genéticas entre departamentos.
Cuatro clados comprendieron 313 de los 390 árboles analizados. Este total corresponde al 80,3 por ciento de las muestras. El clado I incluyó 45 muestras, principalmente de Cusco y Ayacucho. El clado II incluyó 52 muestras, predominantemente de Amazonas. El clado III incluyó 99 muestras, con una fuerte presencia de Amazonas y Piura. El clado IV incluyó 117 muestras, predominantemente de Cusco y Ayacucho.
El análisis de identidad reveló 25 grupos de muestras duplicadas. La mayoría de estos grupos se presentaron dentro del mismo departamento. Este patrón indica la propagación local de genotipos, posiblemente debido al uso recurrente de plantas seleccionadas por los agricultores. Piura, Ayacucho y Cusco concentraron la mayor frecuencia de duplicados.
El estudio también comparó las muestras peruanas con una base de datos del Centro de Investigación del Cacao de la Universidad de las Indias Occidentales. Esta base de datos contiene más de 27 000 muestras de 32 países. Solo se encontró una coincidencia: la muestra CCA015, de Condorcanqui, en Amazonas, correspondía al cultivar CCN 51.
El origen genético de la variedad CCN 51 recibió una nueva interpretación en el estudio. El cultivar presentó una composición estimada de 15 % Amelonado, 13 % Criollo, 25 % Iquitos y 45 % Awajun. Según los investigadores, este resultado modifica la interpretación del origen genético del material y relaciona una parte significativa de su ascendencia con uno de los nuevos linajes peruanos.
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